Cốt truyện của Tomoyo After chủ yếu xoay quanh cuộc sống của Okazaki Tomoya (岡崎 朋也, Okazaki Tomoya? Lồng tiếng bởi: Nitta Yūichi (chỉ trong các phần mini game nhập vai)) - nhân vật nam chính của Clannad - và Sakagami Tomoyo (坂上 智代, Sakagami Tomoyo? Lồng tiếng bởi: Isshiki Hikaru) - một trong các nhân vật nữ chính của trò chơi, giống như tên của tác phẩm là Tomoyo After. Tomoya đã làm việc được một năm trong một tổ chức vì cộng đồng với nhiệm vụ thu gom rác[1]. Ban đầu anh thà sống đơn độc trong căn hộ của mình hơn là sống chung với ba mình là Okazaki Naoyuki (岡崎 直幸, Okazaki Naoyuki? Lồng tiếng bởi: Tani Shunsuke), vốn không có mối quan hệ tốt với anh. Tomoya là bạn rất thân của Tomoyo, câu chuyện của nhân vật này được mở rộng ra và nối tiếp với câu chuyện đã kết thúc của cô trong Clannad. Tomoyo vẫn thường liên lạc với Tomoya và cả hai bắt đầu gặp nhau thường xuyên hơn, tiến đến một mối quan hệ lãng mạn[2][3].

Câu chuyện diễn ra khoảng một tháng sau kì nghỉ hè trong Clannad, lúc đó Tomoya đã tốt nghiệp trung học nhưng vẫn còn sống trong thị trấn mà Clannad lấy bối cảnh[1]. Một ngày nọ, Tomoyo phát hiện ra cô có một người em gái không cùng huyết thống là Mishima Tomo (三島 と, Mishima Tomo? Lồng tiếng bởi: Sasaki Akari) hiện đang sống chung với mẹ cô[2][3]. Tomo đang học mẫu giáo, cô bé là con ngoài giá thú của ba Tomoyo và một người phụ nữ tên là Mishima Yūko (三島 有子, Mishima Yūko? Lồng tiếng bởi: Asaki Soyo). Một loạt các sự kiện diễn ra dẫn đến quyết định cuối cùng là Tomo sẽ sống tạm trong căn hộ của Tomoya một thời gian[1]. Tomoyo rất yêu thương cô bé và chăm sóc Tomo rất chu đáo, vì cô thường tỏ ra yếu lòng khi nhìn thấy trẻ em. Lý do Tomo đến sống cùng Tomoya là vì mẹ cô bé đang có vấn đề về tâm lý, và kết quả là sinh ra tâm thần không ổn định. Bà luôn mắng mỏ Tomo đến mức cô bé không thể chịu đựng nổi nữa và phải chuyển đến sống chung với Tomoya.

Tomoyo còn có một người em trai tên là Sakagami Takafumi (坂上 鷹文, Sakagami Takafumi? Lồng tiếng bởi: Suzuki Keiko), anh sử dụng máy tính rất thành thạo và sau khi cài đặt một máy tính cá nhân trong phòng của Tomoya, anh cũng dọn đến sống chung trong căn hộ cùng với mọi người[1]. Takafumi có một bạn gái cũ tên là Kanako (河南子, Kanako? Lồng tiếng bởi: Suzuki Keiko), cô không hài lòng khi thấy mẹ mình tái giá, và vì thế không thích sống ở nhà. Trên thực tế, cô trở thành một kẻ ăn bám của Tomoya và dĩ nhiên cũng sống luôn trong căn hộ của anh[1]. Kanako nói năng không lịch sự lắm và có thói mỉa mai. Món ăn yêu thích của cô là kem và cô không bao giờ tiết lộ họ của mình. Kanako cũng từng xuất hiện một khoảng thời gian ngắn từ phút thứ 18 của tập 6 bộ anime Clannad. Chủ đề chính của Tomoyo After cũng là mối quan hệ giữa các thành viên trong gia đình, giống như Clannad.[4]